Історичні роботи А. О. Скальковського є цінним джерелом з історії Південної України та Запорізької Січі, так як в них використані деякі важливі документи, які не збереглися до наших днів. Вагомою працею є книга, присвячена одному з найцікавіших явищ того краю в XVII і XVIII століттях — появі руху Гайдамаків. Ця книга написана на під- ставі архіва Коша Запорозького XVIII століття, знайденого і збереженого автором. Позиція вченого в оцінці руху гайдамаків викликала відповідь Т. Г. Шевченка у вірші «Холодний Яр».